1、一般納稅人比小規(guī)模納稅人自貿(mào)區(qū)做賬要多的就是進項抵扣和開具增值稅專用發(fā)票兩項工作，一般納稅人，對每個月取得的增值稅發(fā)票，要到主管稅務(wù)機關(guān)進行發(fā)票認證工作，核算中，要在將銷項稅與進項稅對比后繳納，小規(guī)模納稅人沒有這項工作，還有就是，現(xiàn)在的增值稅發(fā)票都是機打的，這也是與小規(guī)模手開發(fā)票不同的。至于薪酬，受各地區(qū)、各企業(yè)情況、業(yè)務(wù)量大小等因素，都不會相同的。

2、小規(guī)模設(shè)置4本帳：總分類帳，現(xiàn)金日記帳，銀行存款日記帳，三欄明細帳，而一般納稅人則要9本帳，即總分類帳，現(xiàn)金日記帳，銀行存款日記帳，三欄明細帳，應(yīng)交增值稅稅金明細帳，銷售收入明細帳，進銷存明細帳，十七欄明細帳，存貨計數(shù)帳。

小規(guī)模不能抵扣進項，一般納稅人可以抵扣進項發(fā)票，買價和稅款一并計入成本。

3、一般納稅要求要比小規(guī)模企業(yè)高一些。

另外，應(yīng)交增值稅核算不一樣，小規(guī)模企業(yè)銷售后只是計提應(yīng)交增值稅(相當于增值稅銷項稅額)即可。一般納稅人除了計算銷項稅額外，還要根據(jù)開進的增值稅專用發(fā)票(或者運輸發(fā)票等)核算進項稅額，不能抵扣的進項稅額還要核算進項稅額轉(zhuǎn)出。